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十二年國民基本教育歷經20餘年的倡議、規劃及準備，延長國民基本教育已成為社會大眾殷切的期待與共識。在99年8月28日、29日召開的第八次全國教育會議中，十二年國民基本教育更是各界非常關心的議題，場內外紛紛籲請政府儘早實施，並明定實施期程。行政院吳院長敦義旋於會中指示組成跨部會專案小組，由行政院副院長擔任召集人，積極研議相關政策及實施期程。
為具體回應各界對實施十二年國民基本教育之殷切期盼，馬總統英九於建國百年元旦祝詞宣示：「今（100）年開始啟動十二年國民基本教育，預定民國103年高中職學生全面免學費、大部分免試入學。」預計今（100）年8月入學的國一新生適用，十二年國民基本教育之實施時程就此確立。為順利推動十二年國民基本教育，行政院由院長擔任召集人組成推動會，教育部由部長擔任召集人組成推動小組，積極研擬相關政策。期間教育部持續廣泛蒐集相關學校教師、家長、學者專家及相關公正人士代表意見，審慎規劃十二年國民基本教育實施計畫，內容包含7大工作要項（10個方案）及11項配套措施（18個方案），經全國分區公聽會各界之意見調整，函報行政院核定後實施。